主角工藤新一原本是一位頗具名聲的高中生偵探，
在目擊黑暗組織的地下交易後，正準備追蹤時卻被突襲擊昏，
並被灌下代號為「APTX4869」的不明藥物。
後來雖然倖免於死，但身體就此縮小為小學時期的模樣。
之後他化名為江戶川柯南，在鄰居阿笠博士的建議下，
寄住在女友毛利蘭的父親—偵探毛利小五郎家中，
繼續秘密從事追查黑暗組織的工作，
並私下探尋獲得解藥的管道，希望能夠恢復原來新一的樣貌。
與此同時，柯南憑著自己的推理天份，
配合阿笠博士為他發明的道具，幫助毛利小五郎成為出名的大偵探。
故事內容當中穿插許多愛情、友情、犯罪、背叛、復仇等情節。
道具:
為了讓身體變小成為柯南的新一能夠更順利完成偵探任務，阿笠博士發明了以下道具：
領結型變聲器
阿笠博士發明的第一個道具，內含兩個旋鈕，一個調聲調，一個調音量。
調整至適當的聲音後，可以讓柯南發出所有他曾經聽過的人聲。
一般用於使毛利小五郎或鈴木園子沉睡後，
模仿其聲音進行案件推理（被麻醉的小五郎總是低著頭，以嚴肅的表情進行推理，「沉睡的小五郎」這個綽號即由此而來）。
增強腳力球鞋
讓原本就善於踢足球的柯南恢復高中生的腳力，
以身旁的物品作為武器攻擊犯人。
轉動鞋側的轉盤，利用電磁波刺激腳底穴道，進而提升腳力。
手錶型麻醉槍
按下按鈕，麻醉針就會飛出，被擊中者會被麻醉，
成功麻醉時針會消失，如果麻醉失敗則可以再利用。
錶蓋上有準星，除非有特殊狀況，
否則命中率100％，但是針只有一根，若射偏便無法挽回。
像是在《銀翼的奇術師》中，柯南試圖用手錶型麻醉槍追捕怪盜基德，
卻因麻醉針射錯方向而無法再利用手錶型麻醉槍追捕基德。
大部分時候用於使毛利小五郎或鈴木園子沉睡，以便利用其聲音進行推理；逮捕犯人時也會使用。
曾經把服部平次麻醉作解說案件，麻醉灰原哀阻止她說話。
犯人追蹤眼鏡
左邊鏡框有天線可以接收訊號，
和柯南衣服鈕扣上的發訊器一起使用，即可由左邊鏡片的雷達進行追蹤。
有竊聽功能（竊聽器位於右邊栓套上，耳機在左邊），後來改良加上防彈、望遠鏡及紅外線夜視等功能。
便當型傳真機
表面上是便當（可以食用，內含梅子飯、炸蝦、草莓、檸檬、小黃瓜、鵪鶉蛋、章魚造形的熱狗、麵條、蔬菜、水煮蛋…等），
但是內藏傳真機。只用過一次（足球選手恐嚇事件。根據作者青山剛昌的說法，是因為不好用）。
渦輪噴射滑板
附有渦輪引擎，
可以承受4個小孩的重量，速度極快，可以和汽車相比。
原本因為利用太陽能驅動的緣故，只能在太陽下山前使用。
經過改良後，內附太陽能電池，充電後即可使用。
在《往天國的倒數計時》中，柯南使用噴射滑板，
從雙塔摩天樓的其中一棟飛越已斷裂的連絡空橋，前往另一棟時，
滑板不慎從高處落下，著地後斷成兩截，後來由阿笠博士修復。
伸縮吊帶
可做任何長度的伸縮，用來提起（打開）重物最為適合。
只要按下吊帶上的按鈕即可收縮。
其實，此道具在原著已較少被使用，更多時間是在劇場版使用。
袖扣型擴音器
和蝴蝶結型變聲器連結，兩袖扣之間可以通話。
少年偵探團徽章
少年偵探團成員所有。
內含超小型無線電收發器，供成員間相互通訊使用（半徑20公里內），
還可以利用柯南的追蹤眼鏡進行追蹤。
手錶型手電筒
少年偵探團成員所有，但柯南所持有的包含麻醉槍功能。
變聲筆（動畫版：變聲卡）
阿笠博士的發明，平常可以用來書寫，亦可錄下聲音後加以變聲，或是調整聲調快慢。
只用過一次（月亮、星星與太陽的秘密）。
耳環型行動電話
狀似耳環，但為功能齊全的行動電話。
鈴聲為「嗶～嗶」。但因為柯南後來已經擁有自己的手提電話，此道具已較少被使用。
蝴蝶結型變聲器的集音器
工藤優作所有。只用過一次（走投無路的名偵探！連續兩大殺人事件事件）。
藥品:
APTX4869
宮野志保（灰原哀）仍效力於黑暗組織時所研發的藥品，
能致人於死於無形，副作用則是使人身體縮小。
白乾
又譯白乾兒，為一種中國酒（即高粱酒）。
能解除APTX4869的毒性，藥效持續時間約略為24小時。
但是柯南在喝了一次之後，身體產生了免疫效果，使得他再次服用時已無效果。
不過若是製成膠囊或是和其他化學反應一起進行，則可能持續有效。
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